Dans le Sud de la France, l'inquiétude porte également sur le niveau des cours d'eau. Les débits mensuels sont très inférieurs aux normales saisonnières sur la quasi-totalité du territoire mais les rivières de la moitié sud présentent des déficits d'écoulement pouvant être supérieur à 80%. En Haute-Garonne, quelques collectivités commencent à rencontrer des difficultés pour l'alimentation en eau potable. La navigation sur le canal du Midi a été arrêtée du 29 janvier au 30 mars.
Malgré tout, le remplissage des barrages est globalement correct bien qu'hétérogène. Ainsi contrairement aux barrages de la Loire ou du Rhône, la situation dans les Pyrénées est assez inquiétante. Alors que la région est habituellement épargnée, le faible manteau neigeux de cet hiver fait craindre pour la poursuite du remplissage et pour le niveau des débits d'étiage des cours d'eau cet été. Des difficultés sont à prévoir pour tous les usagers de l'eau : industries, particuliers et surtout agriculteurs pour qui la tension sera la plus forte.
Pour Nelly OLIN, ministre de l'écologie et du développement durable, comme les années précédentes, l'anticipation demeure le maître mot d'une politique responsable. Si les conditions météorologiques ne deviennent pas plus favorables, le besoin d'irrigation risque de se faire sentir rapidement. La ministre a donc demandé aux préfets du bassin Adour-Garonne, où la situation est déjà tendue, qu'une communication vers les agriculteurs se fasse dans les prochains jours. Selon Jean-Louis Beseme, le monde agricole a très bien intégré les contraintes auxquelles il doit faire face. La surface de culture de maïs a baissé entre 20 et 40% au cours des dernières années, rappelle-t-il. Toutefois cette année, elle devrait se stabiliser.
La ministre rappelle également que 26 mesures législatives, réglementaires, incitatives, d'étude et de communication sont et vont être déclinées dans le cadre du plan de gestion de la rareté de l'eau mis en œuvre depuis octobre 2005. Plusieurs projets ont vu le jour : signature d'une charte avec les gestionnaires de golfs, lancement de deux campagnes de communication sur les économies d'eau, intégration des dispositions législatives de la loi sur l'eau, lancement d'une initiative politique européenne sur la sécheresse par la France, l'Espagne et l'Italie qui devrait aboutir sur une communication de la part de la Commission européenne avant cet été.
En 2007, le ministère de la santé devrait définir les conditions techniques et sanitaires pour la réutilisation des eaux usées traitées et la récupération des eaux de pluies, le BRGM devrait publier son étude sur l'exploitabilité des nappes souterraines et les sites de recharge, un programme de recherche pour réduire les volumes d'eau affectés à l'irrigation devrait être lancé, etc.