Mardi 23 octobre 2012, Denis Baupin, député de Paris EELV et vice-président de l'Assemblée nationale, a adressé une lettre ouverte à Didier Migaud, président de la Cour des comptes, afin que la Cour "s'exprime au plus vite sur la pertinence de l'engagement d'investissements lourds par EDF sur le site de Fessenheim [Haut-Rhin], alors même que la centrale nucléaire doit cesser de fonctionner d'ici la fin 2016".
Denis Baupin estime qu'"EDF (dont l'actionnariat est détenu à 84.44% par l'Etat) s'apprête à engager des investissements lourds sur [le] site [de Fessenheim]". Selon l'élu, ces investissements iraient de 20 à 200 millions d'euros. Etant donné que "la centrale cessera de fonctionner entre maintenant et la fin 2016, l'engagement de telles dépenses pose la question d'un usage pertinent des fonds publics".
Cette initiative a été reprise par un collectif d'associations locales, rapporte l'AFP. Des militants alsaciens ont écrit à Gilles Johanet, procureur général de la Cour des comptes, afin que les Sages de la rue Cambon s'expriment sur l'intérêt de réaliser des travaux sur la centrale alors qu'elle doit fermer fin 2016.
"Nous pensons qu'il n'est pas raisonnable de faire des dépenses considérables sur le réacteur alors même que les travaux doivent durer jusqu'en juin 2013 et la centrale fermer en 2016", a déclaré à l'AFP Rémi Verdet, porte-parole des associations Stop Fessenheim, CSFR et Stop Transports-Halte au Nucléaire, dont il est le président.
Par ailleurs, les militants craignent que l'Autorité de sûreté nucléaire (ASN) émette des prescriptions similaires en fin d'année pour le réacteur numéro 2 de la centrale, imposant les mêmes investissements pour la seconde unité.