Selon Générations futures, la baisse de 5,7% de l'usage des pesticides en 2012, saluée par le ministre de l'Agriculture le 9 décembre, "est basée sur des données incomplètes et n'est donc pas réelle". L'association indique que, pour ses calculs, le ministère s'est basé sur les déclarations des ventes de pesticides au 31 mars 2013. Or, environ 4% des données seraient manquantes car certains distributeurs tardent à faire leurs déclarations.
Le ministre a particulièrement insisté sur la baisse de 30% de l'usage des pesticides cancérigènes entre 2008 et 2012, mutagènes et reprotoxiques de catégorie 2 (CMR2). Selon Générations futures, une seule substance a été prise en compte pour 2012 alors que 45 sont vendues en France.
Le journal Le Monde, qui a mené l'enquête, note dans un article du 19 décembre que "le recours aux pesticides (1) se serait en réalité accru entre 2011 et 2012". Interrogée par le quotidien, la direction générale de l'alimentation (DGAL) a contesté toute volonté de trucage et assure s'être basée sur le protocole de calcul standard.