A 39 ans, Alexis Rouque, est diplômé de l'Institut d'études politiques de Bordeaux et ancien élève de l'Ecole nationale des douanes. Inspecteur des douanes de 1998 à 2003, il est nommé auditeur à la Cour des comptes en 2006 à sa sortie de l'ENA (promotion "Simone Veil"), puis promu conseiller référendaire en juin 2009.
Conseiller technique (logement et urbanisme) au cabinet de Jean-Louis Borloo au ministère d'Etat, ministère de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement durable et de la Mer, chargé des Technologies vertes et des Négociations sur le climat, de juin à novembre 2010, il rejoint l'équipe du cabinet de Nathalie Kosciusko-Morizet au ministère de l'Ecologie, du Développement durable, des Transports et du Logement, de novembre 2010 à mai 2011.
En mai 2011, il devient directeur adjoint puis directeur du cabinet (juin 2011) de Benoist Apparu Secrétaire d'Etat chargé du Logement jusqu'en février 2012.